Lyx setzt diese Strukturierung in den entsprechenden LaTeX-Code um und erstellt die notwendigen Befehle. Die entstandene Quelldatei aus Text und Code kann dann auf Wunsch in ein lesbares Dokument, beispielsweise als PDF, ausgegeben werden. Die Ausgabeform erfolgt nach LyX ist kein herkömmliches Textverarbeitungsprogramm. LyX ist vielmehr eine Dokumentenbearbeitung auf Basis des Textsatzsystems LaTeX. Dokumente werden anhand ihrer Struktur geschrieben, nicht anhand Ihres Aussehens. Um ein Dokument zu editieren, bietet LyX graphische Hilfe. Statt WYSIWYG nennt LyX diese anschauliche Hilfe WYSIWYM (What You See Is What You Mean). Das heißt, Sie geben mittels einiger Mausklicks vor allem das Semantische Markup und weniger das Aussehen des Endproduktes vor: Sie bestimmen Überschriften, Absätze, Zitate, Fußnoten, etc. und strukturieren Ihren Text logisch. Lyx setzt diese Strukturierung in den entsprechenden LaTeX-Code um und erstellt die notwendigen Befehle. Die entstandene Quelldatei aus Text und Code kann dann auf Wunsch in ein lesbares Dokument, beispielsweise als PDF, ausgegeben werden. Auf diese Weise lassen sich z. B. Abstände oder Seitenumbrüche verlässlich festschreiben. Zudem ist es möglich, ein Dokument schnell für unterschiedliche Einsatzzwecke in unterschiedliche Ausgabeformen einzupassen.

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